トイレにもきちんとしますが、やはり仕方ないことかもしれません…

ネコちゃんのトイレがたまに上手くできてないとのことですが、大体はできているようなので問題はトイレ自体にあるかもしれないですね。
トイレのサイズが少し合ってないとかあるかもしれないです。
なので、今のトイレから新しいトイレに変更してみるのも良いかもしれないです。

あと抱っこですがネコちゃんは抱っこを嫌う子が多いと思うので、そこまで気にしないで別のコミュニケーション法を試した方が良いかと思います。