柴犬で相性が合わないのかかなり吠えるのはなんでなのか。 …

過去に柴犬に吠えられたり、なにかきっかけがあったのかもしれません。
うちの犬も基本フレンドリーですが、生後5ヶ月ごろにパグが突進してきて頬を噛まれてから、短頭種が苦手です。
他の犬種と挨拶していても、ブルドッグ・フレンチブル・パグが来るとパッと飛び退いて自分から距離をとっています。
無理に他の犬と仲良くさせるものでもないので、特定の犬種が苦手なら避けてあげるくらいでいいと思います。
吠えて困るのであれば吠える前におやつをあげて、もぐもぐしているうちに苦手な子が通り過ぎていく、またはもぐもぐしながら苦手な子から自分が遠ざかっていく経験をさせると徐々に慣れていきます。
地面におやつを巻いて拾って食べる事に集中させてもいいと思います。
吠えてからおやつだと、吠えたらおやつがもらえた！→次も吠えよう！と吠えが強化されてしまうので、吠える前におやつをあげます。
耳が立ち上がってあー吠えそうだなー位の時にもぐもぐさせてみてください。

参考になれば幸いです。