私が寝ているときや外出している最中結構鳴くので正しいしつけを…

表現の仕方が不器用なのでなついていないように見えたりする柴犬はうちの柴くまも含めて結構います。
おそらく分離不安症だと思います。
夜や留守に飼い主さんの姿が見えないと不安になって吠えるというパターンです。
知り合いの飼い主さんは分離不安症な愛犬への対策として、知育玩具を与えて夢中になっている間に部屋からでていく、一人でも遊べる環境を作って慣れさせておくということをしていました。