狭くて暗いところが大好きみたいで、少し目を離しているとそんな…

わんちゃんの祖先は狼だということはご存知だと思います。
狼は外敵から身を守るために穴を掘ってそこに身を潜めて暮らしていました。
ですので、クレートなど狭くて暗いところにいるととても落ち着きます。
うちの柴くまも、なんでそんな狭いところに入っているの？みたいな場所にいたりします。
小屋やケージや寝床をそういったイメージで整えてあげると、そちらの方で落ち着くと思います。

犬が狭くて暗い場所を好むのは本能です。犬の先祖は穴のような狭くて暗い場所に住んでいたので、そのような場所を好むのは自然の成り行きだと考えます。最も落ち着く場所なのだと感じます。実際、私の愛犬も毛布の中に紛れ込んでいたりクッションの下に隠れるように過ごしている時もあります。小さい頃から狭くて暗い場所を好んでいて、大人になってからも好みは変りません。
なので、質問者様のワンちゃんの狭くて暗い場所好きも犬の習性によるもので性格由来のものではないと考えます。