家に来てから一度はトイレを覚えたのですが、年が明けてからちょ…

まだ３ヶ月ぐらいですし、だいたいそんなものです。
もともとトイレでする習慣のない生き物ですから、覚えてもらうまでは大変な作業です。
でも一度は覚えられているお利口さんですから、定期的にしつけを繰り返せばちゃんと覚えてくれると思います。
トイレ以外の場所にしたらその場所を徹底的に除菌してわんちゃんの嫌がるスプレーを撒いておくことでしょうか。
わんちゃんは自分のオシッコの匂いがするところにまたしてしまいますので。