残したフードの近くに子どもが近づくと、走ってきてフードを守り…

食べムラがある子という事ですが、一番良いのは餌を出している時間をきっちりと決めておくことです。
あまり餌を出している時間が長いと、いつでも食べられると勘違いをしてしまう子も多いため、できればご自身でもおっしゃっているようにある程度の時間食べないのであれば餌を下げるのが望ましいと言えます。
我が家の愛犬も、盛りのシーズンなどが訪れると同じ様な食べムラを起こし子供が餌場に近づくと威嚇するような声を出していましたが、時間を区切って食べないのであれば下げると言う行為を繰り返すうちに自然と食べムラは無くなっていった記憶があります。
獣医さんにも相談しましたが、場合によっては防衛本能から餌を取られまいとお子さんや家族を傷つけてしまう恐れもあるため、やはり食べないのであれば下げることが望ましい様です
ただ、あまりにも食べ残しが多い場合には体調不良やストレスなどによって引き起こされている場合もありますので、獣医師に相談する事をおすすめします。