赤ちゃんの時から夜はケージで一人で静かに寝ていましたが、ケー…

寝る場所の環境が変わったなどはないでしょうか。
うちの柴くまは、寝床周りの環境が変わる、シーツが変わる、部屋の環境が変わる、真っ暗が急に苦手になるなど結構神経質です。
ケージの再点検をしてあげると、穴掘りしてから安心して寝るようになります。
また、実践していらっしゃるように、夜中に吠えても様子を見にいくのをやめれば大抵そのまま寝てしまいます。
わんちゃんは基本的に寝ている時間の方が長いので放っておけばだいたい寝てますね。

災害の避難時のことをお考えなら、ケージよりクレートの方がいいかもしれないです。
それにクレートならケージより頑丈なので、柴犬でも壊れたり脱走したりしにくいですよ。

あと夜鳴いたあと見に行ったり出してあげたりしてないですか？
鳴いたら来てくれると覚えると犬は鳴いて呼ぶようになります。

うちの犬を飼ったばかりの頃、「一匹ずつケージで寝かせてるので一人で寝られます」って話だったのですが、寂しさで鳴いて呼んでました。
一度変な鳴き方したので「足でも挟まったかくじいた？」と様子見に行ったら毎晩同じ鳴き方をするようになりました。
せっかく鳴くのが短くなってきてたのに、期待をもたせるようなことをして、かえって残酷なことをしてしまったと家族で反省しました。
１週間くらいは夜鳴いて呼んでましたが、だんだん声も小さく、短くなって、今は用意していると勝手にケージのペットベッドでまるまってます。