庭に小屋があってそこで飼ってますが、時々夜に寂しくて鳴いてる…

年齢的なこともあるかもしれないですね。
夜暗くなると急に不安になってしまうというのはシニア犬にはあるそうです。
家の中で飼うことはできないのでしょうか。
もしくは家側やベランダなど、飼い主さんたちを身近に感じられるような場所に小屋を移動させて様子をみてみるでしょうか。
スキンシップをより濃密にして決してひとりぼっちではないと思ってもらえれば、寂しい気持ちも和らぐかもしれません。