毎回ではないのですが、オシッコをトイレの外にしてしまいます。…

もしかすると分離不安のような状態かもしれません。
まだ小さいので寂しさからトイレを失敗してしまったり鳴いたりしているのかも、、私の飼っている子も似たような時期がありましたが大きくなった今でもたびたびありますね、、、笑
一緒に過ごす時間を増やすと安定することもありますが、あまり依存させるのはよくないと聞きます。
トイレは大きめのサイズにしたり、トイレ用具の下に防水シートやペットシートを敷いて対策するのはいかがでしょうか。

ご質問者様は、以下2つの状況がストレスからきているのではないかと心配されているのですね。

・オシッコをトイレの外にしてしまう
・よく寂しそうに鳴く

おしっこのことはここ1年で始まったとのことで、その時期に何か環境の変化などはあったでしょうか。
もしあればストレスも考えられると思いました。
特にない場合はむぎちゃんのトイレに対する思いに変化が起きたのかもしれません。
砂の形状やトイレの形、匂い、設置場所など。。
思い切ってトイレ環境を変えてみるのはいかがでしょうか。その際は全取っ替えするのではなく、まずは増設すると良いと聞きます。

うちも実家の猫で1匹どうしてもトイレ外でしてしまうこがいます。生まれてからずっとです。
そのため周りにペットシートをたくさん置いている状態です。
5匹飼い＋オスなので、縄張り争いも関係してるとは思うのですが。。

寂しそうに鳴くのは気掛かりですねぇ。
同居猫がいなくなったとか、家族の誰かが引っ越したとか、そういう分かりやすい変化があると
猫さんは探すようにそんな感じで家の中でアオ〜ン、と鳴いたりします。
もしそうでない場合は、季節（日照時間）が関係しているのか、1〜3ヶ月くらいで落ち着くこともあります。

些細な変化も見ていらっしゃって素敵な飼い主様だなと思いました。
1つずつ、改善方向に向かうと良いですね。
少しでもお役に立てれば幸いです。