1番最初にうちに来たこたろうともうひとりの子が、特定の子だけ…

3匹など多頭飼いだと珍しいことではないですよ。他2匹の年齢、性別はいかがでしょうか？
それによっても力関係が見えてきます。
2：1となってしまうのは、飼い主としては少し辛いですよね。。

うちも実家が5匹飼いなので、色々と猫関係のいざこざが常に今もあるようです。
あまりにもいじめられてしまう猫さんは、居住スペースを分たり、難しい場合トイレの設置場所を変えてあげたり、ご飯とお水のお皿を増設したり気遣いが必要かもしれません。
やはりストレスになってしまうので。。
直接的な解決策はなかなか見つかりませんが、色々試行錯誤すると、みんさん家なりのベターベストが徐々に見えてくると思います。

少しでも参考になれば幸いです。