おやつを毎日与えていると普段の食事の食べが少なくなる味に…

おやつのほうが基本的に美味しいみたいですね。
特にドライフードのごはんのこは、ドライフードよりおやつのほうがいいにおいもするし。

うちの犬もおやつのほうが大好きですよ。
だからこそ、ごはん（ドライフード）をちゃんと食べないときはおやつもなしにしてます。
おやつを待ってごはんは食べ残すこともありますが、おなかがすけばフード食べます。

おっしゃるとおりで、おやつを与えすぎると肝心のご飯を食べなくなってしまうことは結構ありがちです。
おやつはあくまでおやつですし、おやつ用の味になっています。
なので栄養はご飯できちんと摂った方が健康にはいいと思います。
おやつはあくまで特別な時、しつけをするときなどに与えるようにして、ご飯を食べるようにしていった方が健康にも成長にもいいと思います。