もともと捨て猫で人に懐かない猫（さくら）でしたが、同じ猫とも…

捨て猫だったということで、警戒心が強いことも多くそういったことも影響していそうですね。
猫同士の相性は、途中から変わるということはあまりないかもしれません。
引越したり、環境が変わると変化することもありますが‥

仲が悪いということは喧嘩もしますか。追いかけ回したり、一方がやられて鳴き叫ぶほどの場合は
本当に無理させることはなく、なるべく生活スペースを分けて穏やかに過ごせるようにするのが良いと思います。

もしそこまででなければ、（もう試されているかもしれませんが）
・同じおもちゃで遊ばせる
・お気に入りの寝床を近くに設置してあげる
・おやつを同じタイミングで手からあげてみる
と、互いの匂いが混ざって慣れやすいと思います。

うちもオスメスで2匹ですが、思っていたよりは仲良くなりませんでした笑
昔実家にいたニャンズは、抱き合って寝たりお互いにグルーミングしたりとラブラブだったので…
でも友達ニャンがいるのは悪くないんじゃないかなと、飼い主的には思っています。
参考になれば嬉しいです！