小麦、とうもろこしアレルギーがあり、フードをグルテンフリーの…

食べ物系の対策はされているので、あとはわんちゃんが触れる箇所に何かあるのかもですね。
トイレシート、寝床、歩きまわるところ、などでしょうか。
一つ一つ確かめていけば何かわかるかもしれません。
また、念には念を入れてセカンドオピニオンを考えてもいいかもしれないと思います。