現在、メスの猫を２匹飼っていますが、以前は仲が良かったのです…

うちの猫も病院帰りは喧嘩になってますが、
よくあるパターンのようで、処置されてる間に他の匂いが付きいてしまい、別の猫と勘違いしてしまってるようです。
まずは隔離して、お互いの匂いになれさせると良いと思います。
交互にブラッシングすることで、匂いになれさせます。
時間を置いて、お互いを合わせてみて反応をみて、何度か繰り返してみると良いと思います。
喧嘩で怪我をするのが危ないので、喧嘩を始めたらまた距離を離して徐々に慣れさせていくと良いと思います。