午後２時頃になると吠え出すので、その頃は痩せ気味という事もあ…

吠えてもムシでいいと思いますよ。
要求吠えですし。

ただ、「今まではくれたのに？？なんで？」と犬が不安がるなら朝晩のフードから少し昼用にとっておいて３食にしてもいいですよ。

うちの犬は子犬の頃の３食から２食に減らすときに、犬が時間ではなくて、人がごはん→犬がごはんと順番で覚えてたので人が昼ごはん食べると犬がずっと「ぼくのごはんは？？？」みたいな感じで不安がるし、うちは私が毎日在宅なので１日分の規定量を３食にわけて食べさせてます。
獣医さんにも、「１日分の規定量をわけてるのなら大丈夫」と言われました。

飼い主様のご対応が正しい気がします。元々は分からないですが、現在は愛犬はおやつを貰える時間だと認識して吠えているように感じますので、クセになってしまう前に諦めてもらうことも大切かと思います。肥満になると、あらゆる病気のキッカケにもなりかねないので、適正体重を維持できるよう管理してあげてください。
晩年ですが重いヘルニアになったうちの子はとても大変でしたので、可哀想でも愛犬のためだと心を鬼にしてくださいませ。