4月ごろに大型のメインクーンがうちに新しい家族として来たので…

去勢後匂いを嗅ぐだけなら問題ないと思います。

匂いを嗅いでる場所は以前マーキングしたところですか？
マーキングしたところであれば自分の匂いが残っているからだと思います。
その場合その匂いに誘発されてまたマーキングする可能性（避妊去勢後でもする子います）があり、
またマーキングしてしまった時はその物自体を捨てられる物であれば捨ててしまった方が良いです。

匂いを嗅いでいる所が以前マーキングした所ではないのであれば新しい新入りちゃんの匂いがしてたりして気になっているのかなぁと思います。

マーキングや粗相の原因の１つに新たに新入りちゃんが来た時や新しく家族が増えた時などに不安な気持ちからや自分の縄張りを主張したり、ストレス発散で
マーキング、粗相をする事があります。

また去勢避妊で治る子もいれば稀に治らない子もいます。
もしマーキング、粗相が治らないようであれば、
新入りちゃんとの関係性を見直してみてはいかがでしょうか？
アイザックくんが落ち着けるような場所を作ってあげたり、１日のうち数時間はアイザックくんと新入りちゃんを別々の部屋にしてお互い1人になれる時間を作ってあげたり、
お互いが慣れるようそれぞれ匂いのついたタオルなどを
お互いのテリトリー（よくいる所、寝床など）の近くに交換して置いて様子をみたり（匂いのついた物を置く距離を徐々にテリトリーに近づけて様子みる）

2人が同じ空間にいる時に一緒に遊んであげたりして
まずは2人の関係が良くなれば
アイザックくんのマーキング、粗相はなくなると思いますよ。

アイザックくん新入りちゃんがお互い穏やかに過ごせますように願ってます。