2階にあるケージの中でトイレをすることをなかなか覚えません。…

うちの柴くまもそうですが、ケージの中でトイレしないわんちゃんはいると思います。
自分の居場所、寝床などを汚したくないようですね。
ですので２階で試しにケージの外にトイレシートを設置してトイレのしつけをしてみてはいかがでしょうか。
トイレはトイレシートでするものと学習していたら出来るようになるかもしれません。