家でトイレマットをひいているが、トイレマットとは違うところで…

柴犬で13歳ぐらいだと人でいうと70歳ぐらいなので、もしかしたら認知症を発症している可能性があるかもしれません。
今までできていたことができなくなった、昼夜逆転で特に夜中に吠えるなどですね。
他にも気になる行動はあるのでしょうか。
一度病院で相談されてはいかがでしょうか。
これからの対処の仕方をご教示いただけると思います。

根気強く粗相をしてしまったら違うよ！と怒ってトイレに誘導、出来た時は思いっきり褒める！ですかね。
ただ、失敗してしまう場所がもしマットや他のワンちゃんのおしっこの匂いがついているものでしたら、頭ごなしに怒ってもワンちゃんが混乱してしまうので注意が必要みたいです。

ワンちゃんにとっては、キッチンやバスマットもトイレマットも違いがわからないそうなので、我が家にはワンコの立ち入る場所にマットは敷いていません。。。

トイレ問題や吠えたりして大変かと思います。
これに対処するにはドッグトレーナーさんに頼んで訓練を受けるのが良いかと思います。
そうすればトイレの問題も吠える問題も上手く解決するかと思いますので一度相談されることをおすすめします。