ガーグッ！ガーグッ！と呼吸が困難そうに夜になる時があります。…

人でも夜になると気温の低下や日中との気温差で気管支の収縮に影響がでて咳がでやすくなるそうです。
ですのでわんちゃんの夜の生活環境を点検すれば何かわかるかもしれません。
逆くしゃみの可能性もありますが、3分とちょっと長いので何か他に不調がある可能性もあるかもしれないですね。
一度病院で調べてもらった方が安心すると思います。