室内（リビング）飼育ですが、飼い主がその場から離れてトイレ、…

まだまだ幼いので一人が不安なのかもしれませんね。
ただ、吠えたからとそのたびに反応してしまうと、吠えたら戻ってきてくれる
吠えたら願いが叶う…と先々手を焼くことになるかもしれません。
分離不安になってしまうと、お留守番や万が一の時の入院やお泊りも難しくなります。
吠えたからといって戻らない。吠えてるうちは戻らないくらいの気持ちで
少しずつ一人でも過ごせるように教えていくのが良いと思います。

飼主さんの気配を感じてまだ一緒にいたいとアピールしている可能性があるかと思います。
ひとりにされるのが嫌で飼い主さんの気配を感じると吠えてアピールしているのかと思います。
なので、できるだけ寂しさを感じさせないようにしてあげるのが良いと思います。