2匹猫を飼っているのですが、家の中から野良猫を見た際に1匹が…

お互いびっくりしちゃったんですね…。今は同じお部屋で普段の行動ができてるのであれば一時的なものと考えても良さそうです。距離を置いてリラックス出来る場所をそれぞれの猫ちゃんに用意してあげると、一緒にいる気分じゃない時の避難場所になりうるかと思います。高い場所や物陰など人目に付きにくいところがオススメです。あとはストレス発散のはけ口として同居猫ちゃん同士でちょっかいのかけ合いをすることもあるので、1日30分は遊んで狩りの本能を満たしてあげましょう。

プロフィールには1匹としか書かれてませんが、もう1匹いるんですね。しーくちゃんが若いので、もう1匹ちゃんも若いと言う前提で。
お互いにストレスで体調がおかしくなる、例えば舐めすぎて何処か禿げるとかだと心配ですが、そうでないなら若いですし、そのまま様子を見ていれば何れ落ち着くと思います。飼い主さんが落ち着いていれば大丈夫です。
ほとんどの猫は臆病ですしイレギュラーを嫌います。野良猫さんがキッカケかも知れませんが、若い猫同士ですから喧嘩もするでしょうし、普段は仲良しなら問題無いと思います。もし体調に変化があるなら動物病院に相談してください。
体調に異変が無い限りは心配無いと思います。