主に私が世話をし可愛がっていますが、私が抱きあげようとすると…

cocoaちゃんはメス犬ですしやはり生理的な理由かもしれないですね。
もちろん普段お世話をしているここたんさんのことはリスペクトしているとは思いますが。
cocoaちゃんからしたら大好きなご主人の前ではそういったことではないのかもしれません。
ご主人がいらっしゃるときは抱っこはご主人に任せてみて様子をみてはいかがでしょうか。
でも、噛むしつけはしておいた方がいいかもしれません。

ワンちゃんがそのようになったのは単身赴任から帰ってきたご主人に可愛がって欲しいと思っているからではないでしょうか？ワンちゃんからしたらその方が良いと考えているからそのような行動を取っている可能性もあるかと思います。