トイレする時やたらと鳴くので病院に行ったら、結晶が出来てると…

ご飯が美味しくないストレスと言うより、おしっこをするのが痛い経験をしたり、トイレ中に何かが起きてそこでトイレができなくなってしまったなどの他の要因も考えられます。
粗相が増えていることをかかりつけ医の先生にもう一度相談してみて下さい。
また、結石は水分摂取量を上げることでも予防できます。今の猫ちゃんの状態を獣医師に診察してもらって、水分摂取量を上げるためにウエットフードやペースト状のおやつなどに加水して飲ませるなどの工夫もしながら、その子にあった予防を心がけると良いと思います。

トイレの場所ですが、トイレにトラウマがあった場合、「ここでトイレしたとき痛かったんだよなぁ」と言う経験があるとそこではしたくなくなる可能性もあります。エレクターなどを使って縦方向に空間を活用しながら別の場所にトイレを増設するか、今使っている物を移動してあげて、その子が落ち着いてトイレができる環境を整えるべきかも知れませんので、お部屋のスペースを確保して寝室に置いてみて下さい。

「その子が粗相する場所イコールそこでトイレをしたがっている」の可能性も高いので…

うちの猫も以前トイレ中に地震がきて驚いた経験から、トイレができなくなった時、押し入れでするので押し入れにトイレを入れたらそこでできるようになりました笑