実家に帰省する時に連れて帰ろうと思ったのですが、猫２匹ともに…

いつも病院に連れて行く時のことを考えてください。
キャリーバックの中でどんな様子でしたか？

交通機関による移動は、同じキャリーバックに入れていても、車、バス、電車、自転車、徒歩でようすが変わってしまいます。

交通機関を利用するとき、猫の声がそれほど大きくなくても悪目立ちします。
普段めったに鳴かない子でも、不安になって泣き続けたりするので、迷惑にならないかヒヤヒヤするかもしれません。
みんながみんな猫が好きではないし、猫アレルギーの人も多いので、かなり気を遣っての移動となるでしょう。

猫にとっても、キャリーバックの形状や大きさによって、不安度が違ってきますし、駅のような人が多い空間もパニックになりやすい場所です。
それと、乗り物酔いする子もいます。
前に抱っこする形のリュックだと、飼い主の顔が見えるので安心しやすいので、そういうケアができるようにしたほうが良いと思います。

それから、新幹線で４時間でも、その前後があると思うので、キャリーバックに入ってもらう合計の時間を考える必要があります。

できればキャリーは『伏せ』の体制が取れる大きさ（長さ）を確保したいところです。
何時間もずーっとお座りの体勢や、丸まって体を伸ばせないのは、相当ストレスが溜まります。

食事、給水、排泄、すべて緊張や警戒の体制になっていて、実家に着いて新しい環境に馴染むまで受け付けない場合があります。
なるべく出かける１日前〜１時間前くらいまでに、いつもより多めの食事ができていて、トイレも行ってくれていると理想的です。
そして長時間なら、２頭はなるべく別々のキャリーにしてあげたいです。
窮屈だし、ストレスが溜まると、中で喧嘩することもあるので……。

2頭別々だと、旅行用スーツケースのようなローラーの付いた、転がせるキャリーバックもありますが、ガタガタと振動が大きいので乗り心地が良くないと聞きます。
ローラーにゴムのカバーを付けて、振動軽減できる物もあるので、よく検討してください。

たぶん２頭なら、ベビーカーのような形状のキャリーバックが１番現実的なんじゃないかと思うのですが、お高いので(笑)
実家に帰る頻度によっては選んでも良いかも？

どちらにせよ、本番前に予行練習的な短い交通機関を使ってのお出かけで、様子を見るほうが良いと思います。