0歳の妹が近づくとすぐに反応して吠えてしまい、怖がられていま…

まだ0歳の赤ちゃんなんですね…。
たぶん思ってらっしゃる通り、一度痛いことされたから来ないでって吠えてるのかなと思います。

犬猫って幼児くらいまでは嫌いなこも珍しくないですから、無理に近寄らせないのもありと思います。
悪い関係になるよりは、妹さんが加減できるようになるまで距離をとるというか…。

小さい子は、握るのは得意だけど離すのは苦手なので、どうしても毛をむしったり尻尾つかんでひっぱっちゃったりしちゃいがちなので…。
チワワなら尻尾つかんでひっぱられたらケガさせられるかも？だし、犬も必死なんだと思います。