日中留守番をさせているとペットシートではなくカーペットの上に…

知っていてトイレ以外の場所でしている可能性はあると思います。
うちの柴くまもそうですが、一人ぼっちで寂しくてその分離不安みたいものから、トイレ以外の場所でしてしまっているようです。
こんなに寂しかった、飼い主さんが帰ってきてトイレ以外の場所にしていたら、叱られているのにかまってもらって嬉しいとなっているのかもしれません。
留守番のとき一人でずっと遊べるおもちゃや道具などを与えて気を紛らす方法などしています。