とにかくよく泣くので少しでも泣き癖をへらしたいです。車に…

まだ3ヶ月ですからね…いろんなものがなんだかわからず、不安なんだと思います。
車も乗る前に動いていない状況でおやつを与えたりして良いイメージをつけていくのがいいのではないでしょうか。

あとこれは余談ですが、今社会化をしてトレーニングをしても人間でいう思春期のような頃また恐怖心が出てくることがあります。そういう時に怖い思いをすると引きずるので、じっくりじっくり観察できる時間を設けてワンちゃんを納得させてあげてください。

クイックルワイパーとか掃除機は、動かしてなくてもなきますか？
うちは小さい頃使うと鳴いてたので、動かさずないてないときに褒めまくったりご褒美をあげたりして練習してだんだん慣れていきました。
今は、掃除機やクイックルワイパーを動かしてるとまわりを警戒してウロウロしてますが、吠えなくなりました。

車はうちは逆に小さい頃なかなかったんですが、去勢手術後からなくようになっちゃいました。
まあ去勢手術痛かっただろうしそのあとの抜糸怖かったみたいだし仕方ないかなーと思います。
キャリーバッグに入れて、ふんわり布かけて「はいはい大丈夫だよ〜」て声かけて気にしないようにしてます。

ワンちゃんがよくなくという事で大変だと思います。対処法としておすすめなのはワンちゃにハウス等を教えてなき出したタイミングでハウスのコマンドを出すのが良いと思います。
それで毎回なき続けるというのを防げるようになると思います。