しつけようとするとすぐにしっぽを仕舞い怯えてしまいます。…

まずはスキンシップだと思います。特に保護犬は何かしら他の生き物に対して警戒心や恐怖心を強く持ちがちです。ここは安全な場所だよ、大事にするよ、など声かけを多くしてみる方法がおすすめです。わんちゃんが安心して心を開いてくれれば、しつけなどもうまくいくと思います。